Efectivamente Joomla ha tenido problema de seguridad, principalmente debido a aplicaciones de terceros (denominadas extensiones), aunque tiene una ventaja sobre otros muchos: dada su enorme comunidad de usuarios (actualmente una de las más grandes), actualizan de forma muy rápida los bugs y errores de seguridad, lo que en el fondo la hace más segura que otras tantas. Y si nos ponemos a hablar de seguridad, como bien sabéis, ninguna aplicación para la Web de este tipo está libre de “agujeros”. Los hay en sistemas de foros, en CMS, en blogs, en sistemas de comercio electrónico…

No es cierto que sea complicada su actualización, como antes comentaban. Hasta ahora, no ha sido necesario ejecutar actualización alguna en la base de datos y tan sólo con sobrescribir los archivos vía FTP queda actualizado (también para la versión 1.5) La actualización directa y automatizada está prevista para futuras ampliaciones.

El principal problema al que se enfrenta ahora Joomla es la migración de la versión 1.0.x (la que se ha usado hasta ahora) hacia la 1.5. Pero si vas a empezar “desde 0″, creo que actualmente es una de las opciones más potentes, con capacidades de expansión (casi toda aplicación para la Web, existe para Joomla), con una de las comunidades más extensas en todo el mundo, incluso en castellano (y esto es muy importante si te surge algún problema) y, sobre todo, más sencilla de administrar que existe:

http://www.comunidadjoomla.org
http://www.joomlaspanish.org