Acabo de revisar una entrada en Mashable! que tenía pendiente, un completo listado de 50 herramientas para controlar y seguir el tráfico de tu web, estadisticas de tus RSS, mapas de calor, control de clics, seguimientos de visitas, …
Actualmente estoy utilizando mi propio sistema analizando los logs del servidor con Webalizer, Google Analytics y también los contadores de miarroba. Y por supuesto también FeedBurner para blogs.
Además leo en Online.com.es que cita algunos más que también puede ser interesantes como 103bees, Hittail, AddFreeStats o ClickTale.